Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Cytosine (CYTOSM03)
168 Cytosine (CYTOSM03)
(Previous) Hydroquinone bis(aniline) (HIBFUT)
(Back) Elements:
O 2
C 4
N 3
H 7
(Z = 4)
(Periodic Table)
(Next) XV 2-amino-4-methylpyrimidine and 2-methylbenzoic acid
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 9.82 7.52 7.73 79.50 90.00 90.00 560.95 1.529 -128.9 calc'd using PM7
PM7: 9.57 7.41 7.70 84.68 90.27 89.49 542.96 1.580 -137.7 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 10.33 7.19 7.37 82.40 92.30 88.19 541.66 1.583 -119.5 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 18:32:02 |
Feb 23 2021 @ 15:26:55
ARC file |
Feb 24 2021 @ 18:06:28 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Cytosine (CYTOSM03)
O 0.02140564 +1 0.1194417 +1 -0.2579084 +1
C 0.69283036 +1 -2.3763897 +1 3.2447270 +1
O -0.53498136 +1 -2.3539463 +1 3.4110073 +1
N 1.43612168 +1 -1.2473778 +1 3.0819925 +1
C 2.76762208 +1 -1.3519028 +1 2.7840107 +1
N 3.46868568 +1 -0.1965774 +1 2.7148462 +1
C 3.38139211 +1 -2.6382612 +1 2.6023898 +1
C 2.62420726 +1 -3.7590659 +1 2.8179832 +1
H 0.72014009 +1 -4.4872017 +1 3.3799277 +1
H 4.41698121 +1 -0.2185373 +1 2.3416441 +1
H 2.99798708 +1 0.6933217 +1 2.8295974 +1
H 4.42503599 +1 -2.7000385 +1 2.3000185 +1
H 3.02726841 +1 -4.7867223 +1 2.7226885 +1
N 1.30937921 +1 -3.6487665 +1 3.1933443 +1
N 0.79126488 +1 1.2404991 +1 -3.7958120 +1
C 1.56556981 +1 2.4240699 +1 -3.8145752 +1
O 2.78773551 +1 2.2869769 +1 -3.9802449 +1
N 0.97545350 +1 3.6335230 +1 -3.6059184 +1
C -0.36017860 +1 3.6875539 +1 -3.3112074 +1
N -0.91637087 +1 4.9165323 +1 -3.1946013 +1
C -1.13512226 +1 2.4880316 +1 -3.1682064 +1
C -0.52423089 +1 1.2872047 +1 -3.4110697 +1
H 1.28102557 +1 0.3352558 +1 -3.9557380 +1
H -1.86055191 +1 5.0018567 +1 -2.8206301 +1
H -0.33516525 +1 5.7435454 +1 -3.2640665 +1
H -2.18103212 +1 2.5507359 +1 -2.8768161 +1
H -1.05676053 +1 0.3182815 +1 -3.3308761 +1
N 0.61559217 +1 6.0309157 +1 -0.0091054 +1
C 1.24049976 +1 4.7635571 +1 -0.0789519 +1
O 2.45846675 +1 4.7541037 +1 -0.3131256 +1
N 0.51870495 +1 3.6278773 +1 0.1320631 +1
C -0.80090066 +1 3.7251358 +1 0.4823209 +1
N -1.47647994 +1 2.5715454 +1 0.6869726 +1
C -1.42850176 +1 5.0083250 +1 0.6414796 +1
C -0.69190805 +1 6.1343641 +1 0.3933330 +1
H 1.19056689 +1 6.8702142 +1 -0.2218330 +1
H -2.47608997 +1 2.6113140 +1 0.8739402 +1
H -1.02672343 +1 1.6803760 +1 0.5394065 +1
H -2.46524127 +1 5.0624217 +1 0.9684040 +1
H -1.10842218 +1 7.1563852 +1 0.4860048 +1
N 2.01180500 +1 1.1698943 +1 -0.4784625 +1
C 1.24243525 +1 -0.0181253 +1 -0.4305948 +1
N 1.83475339 +1 -1.2291195 +1 -0.6248096 +1
C 3.18020518 +1 -1.2845078 +1 -0.8695240 +1
N 3.72981877 +1 -2.5161911 +1 -0.9945179 +1
C 3.97342605 +1 -0.0894203 +1 -0.9363586 +1
C 3.35901419 +1 1.1145164 +1 -0.7208373 +1
H 1.52953326 +1 2.0683112 +1 -0.2676378 +1
H 4.67353168 +1 -2.5988415 +1 -1.3673016 +1
H 3.13735469 +1 -3.3385467 +1 -0.9636383 +1
H 5.03623916 +1 -0.1604477 +1 -1.1557133 +1
H 3.89991491 +1 2.0805101 +1 -0.7430403 +1
O -1.65608886 +1 -0.6134752 +1 1.7042864 +1
H -0.97565369 +1 -0.4022802 +1 1.0609910 +1
H -1.26253786 +1 -1.2183991 +1 2.3445816 +1
O 4.10440217 +1 3.8233342 +1 -2.2185942 +1
H 3.44779996 +1 4.1291758 +1 -1.5895929 +1
H 3.64979577 +1 3.2720822 +1 -2.8690329 +1
O 3.59269960 +1 3.0404419 +1 1.4137554 +1
H 2.90836928 +1 2.8135631 +1 2.0512640 +1
H 3.20765433 +1 3.6537360 +1 0.7769938 +1
O -1.29479327 +1 -1.4560581 +1 -1.9840610 +1
H -0.63998891 +1 -1.7475607 +1 -2.6236204 +1
H -0.84112890 +1 -0.9064858 +1 -1.3319912 +1
Tv -0.62831477 +1 -9.5440344 +1 -0.1811984 +1
Tv 0.83966016 +1 0.0186831 +1 -7.3606979 +1
Tv 7.67857533 +1 -0.4717774 +1 0.1564782 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Cytosine (CYTOSM03) (PM6-D3H4)
O -0.06432167 +1 0.3039770 +1 -0.0774278 +1
C 0.62939728 +1 -2.8273171 +1 3.2444905 +1
O -0.59806012 +1 -2.9298302 +1 3.4535346 +1
N 1.26932266 +1 -1.6173245 +1 3.1590285 +1
C 2.61279985 +1 -1.5955400 +1 2.8143294 +1
N 3.20455684 +1 -0.3865618 +1 2.6575065 +1
C 3.34314328 +1 -2.8275002 +1 2.6126338 +1
C 2.68756381 +1 -4.0212707 +1 2.7059149 +1
H 0.81504154 +1 -4.9516529 +1 3.0961964 +1
H 4.18067386 +1 -0.3464262 +1 2.2946304 +1
H 2.69650645 +1 0.4909381 +1 2.8643952 +1
H 4.40917107 +1 -2.7849690 +1 2.3771508 +1
H 3.17843606 +1 -4.9990553 +1 2.5186395 +1
N 1.33524168 +1 -4.0492790 +1 3.0274534 +1
N 0.90544299 +1 0.8921138 +1 -3.5627516 +1
C 1.67365701 +1 2.0898774 +1 -3.7036049 +1
O 2.90052337 +1 1.9391457 +1 -3.8714280 +1
N 1.08001800 +1 3.3225501 +1 -3.5970056 +1
C -0.26894250 +1 3.3905039 +1 -3.2842427 +1
N -0.81607860 +1 4.6172602 +1 -3.0945661 +1
C -1.05694637 +1 2.1854661 +1 -3.1554308 +1
C -0.45535690 +1 0.9684809 +1 -3.2865501 +1
H 1.38290947 +1 -0.0305258 +1 -3.6369810 +1
H -1.79137526 +1 4.6804841 +1 -2.7399542 +1
H -0.25002228 +1 5.4758656 +1 -3.2147930 +1
H -2.12604228 +1 2.2606154 +1 -2.9434228 +1
H -0.99818721 +1 0.0130177 +1 -3.1594182 +1
N 0.58072702 +1 6.5460864 +1 -0.0070930 +1
C 1.29723142 +1 5.3261684 +1 -0.2141148 +1
O 2.52123390 +1 5.4417312 +1 -0.4219648 +1
N 0.66507449 +1 4.1124765 +1 -0.1092716 +1
C -0.67779028 +1 4.0836929 +1 0.2373299 +1
N -1.25938167 +1 2.8718781 +1 0.4101193 +1
C -1.41497896 +1 5.3116724 +1 0.4376871 +1
C -0.76500370 +1 6.5087089 +1 0.3401851 +1
H 1.10223537 +1 7.4471372 +1 -0.0585990 +1
H -2.23074160 +1 2.8277208 +1 0.7824039 +1
H -0.74211219 +1 1.9968736 +1 0.2076840 +1
H -2.47838799 +1 5.2624425 +1 0.6829463 +1
H -1.25644850 +1 7.4823571 +1 0.5466254 +1
N 1.92198933 +1 1.3555032 +1 -0.4210663 +1
C 1.15840555 +1 0.1552056 +1 -0.2654534 +1
N 1.75079012 +1 -1.0774973 +1 -0.3909782 +1
C 3.09199158 +1 -1.1405419 +1 -0.7328512 +1
N 3.63514933 +1 -2.3669971 +1 -0.9433577 +1
C 3.87496919 +1 0.0657053 +1 -0.8841956 +1
C 3.27212734 +1 1.2818377 +1 -0.7462254 +1
H 1.43565671 +1 2.2762184 +1 -0.3605119 +1
H 4.59775693 +1 -2.4249612 +1 -1.3291587 +1
H 3.07369662 +1 -3.2252456 +1 -0.8021734 +1
H 4.93747508 +1 -0.0069861 +1 -1.1273324 +1
H 3.80507404 +1 2.2378835 +1 -0.9067533 +1
O -1.65905791 +1 -1.0803361 +1 1.6436918 +1
H -1.13111485 +1 -0.4973451 +1 1.0359426 +1
H -1.08263990 +1 -1.4215211 +1 2.3601909 +1
O 4.00895805 +1 3.9759935 +1 -2.1608431 +1
H 3.47255426 +1 4.5396155 +1 -1.5440638 +1
H 3.42172807 +1 3.5692758 +1 -2.8330252 +1
O 3.56825062 +1 3.5707809 +1 1.4274483 +1
H 3.03196955 +1 2.9916716 +1 2.0325913 +1
H 2.99953490 +1 3.9227297 +1 0.7107759 +1
O -1.14658469 +1 -1.6809829 +1 -1.8985839 +1
H -0.59732921 +1 -2.2430623 +1 -2.5063898 +1
H -0.57426279 +1 -1.2787535 +1 -1.2107072 +1
Tv -0.25708425 +1 -10.3264802 +1 0.0454877 +1
Tv 0.78673284 +1 -0.2784223 +1 -7.1442616 +1
Tv 7.36294991 +1 0.1109313 +1 -0.1746840 +1