Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021 Cytosine

114 Cytosine

(Previous)    8-Azaguanine hydrate (AZGUAN)
(Back)          Elements: C 4 H 5 N 3 O 1 (Z = 24)     (Periodic Table)
(Next)          Aqua-tris(2-((dimethylamino)methyl)phenyl)borane (QEVYEV)
                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density       Heat of Formation (Kcal/mol)
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                                       PM7:    12.89   9.52   3.77  90.64  90.01  90.04    462.63  1.595          -62.2 calc'd using PM7 (ref:     0.0)
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                                  X-Ray                                             PM7                                            PM6_D3H4
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 18:33:13 Feb 23 2021 @ 15:56:53 ARC file Feb 24 2021 @ 18:08:02
  X-Ray data set:
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 Cytosine (Ref)

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  N    -8.92500000 +1    5.8610000 +1    7.9970000 +1
  O    -5.22000000 +1    7.9810000 +1    6.3730000 +1
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 Tv     0.00000000 +1   18.9920000 +1    0.0000000 +1 
 Tv     0.00000000 +1    0.0000000 +1   11.4420000 +1 
 

  Optimized PM7 data set:
 MERS=(1,2,3) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
 Cytosine

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  C     1.70441261 +1    2.4883366 +1   -1.6123797 +1
  C     2.20939188 +1    1.2160524 +1   -1.1914074 +1
  C     1.39710654 +1    0.1234693 +1   -1.3694563 +1
  H    -0.37559042 +1   -0.5880730 +1   -2.2016134 +1
  H     1.92289416 +1    4.5321163 +1   -1.6509063 +1
  H     3.33099894 +1    3.6597263 +1   -1.1417490 +1
  H     3.19319339 +1    1.1487011 +1   -0.7412376 +1
  H     1.68341658 +1   -0.9012429 +1   -1.0637740 +1
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  C    -4.31465789 +1   -6.0554287 +1   -2.5125687 +1
  C    -5.10371208 +1   -4.9424637 +1   -2.3599838 +1
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  H    -3.34516026 +1   -6.0201568 +1   -2.9969871 +1
  H    -4.80722090 +1   -3.9342630 +1   -2.7089418 +1
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  N    -6.00731396 +1   -7.3835695 +1   -1.3564523 +1
  N    -4.18489487 +1   -8.4871710 +1   -2.2173803 +1
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  C    -2.29180692 +1   -3.5159447 +1   -0.6630939 +1
  C    -1.49902344 +1   -4.6150373 +1   -0.4429118 +1
  H     0.21841801 +1   -5.3356344 +1    0.4973644 +1
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  H    -1.77791910 +1   -5.6358976 +1   -0.7660740 +1
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  C    -8.23809626 +1   -2.5093155 +1    0.2734570 +1
  C    -8.75056567 +1   -1.2368907 +1    0.6854599 +1
  C    -7.94697717 +1   -0.1392400 +1    0.5006986 +1
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  H    -9.73525553 +1   -1.1752058 +1    1.1334718 +1
  H    -8.24329778 +1    0.8840548 +1    0.7999098 +1
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  C     2.22624275 +1   10.7467142 +1   -1.2350653 +1
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  H     1.66748052 +1    8.6436519 +1   -1.0346492 +1
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  C    -4.73671567 +1    2.2291369 +1   -2.1080520 +1
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  H    -4.77126069 +1    5.6103302 +1   -2.7219109 +1
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  C     2.21715162 +1    1.2357164 +1    2.5718194 +1
  C     1.40577325 +1    0.1419718 +1    2.3969371 +1
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  N     2.35685402 +1    3.6790632 +1    2.4083747 +1
  O    -1.34498619 +1    1.5745365 +1    0.7206127 +1
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  C    -5.08089989 +1   -4.9373738 +1    1.4323592 +1
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  N    -0.28665896 +1   -4.4906020 +1    3.9814892 +1
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  N    -2.44221371 +1   -1.0753493 +1    3.3096477 +1
  O     1.21692971 +1   -3.1853705 +1    5.0902897 +1
  C    -6.25165224 +1   -1.5316137 +1    3.2246589 +1
  C    -8.23127970 +1   -2.5118492 +1    4.0658543 +1
  C    -8.74318155 +1   -1.2389220 +1    4.4764601 +1
  C    -7.93995395 +1   -0.1409097 +1    4.2900928 +1
  H    -6.16648943 +1    0.5750943 +1    3.4548115 +1
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  N    -8.86546345 +1   -3.6838614 +1    4.3519090 +1
  O    -5.18453538 +1   -1.5716823 +1    2.6209610 +1
  C    -0.22877737 +1   11.0531073 +1    1.2251810 +1
  C     1.76360857 +1   12.0266983 +1    2.0411754 +1
  C     2.23293440 +1   10.7646894 +1    2.5337691 +1
  C     1.40952851 +1    9.6760621 +1    2.3820622 +1
  H    -0.35595888 +1    8.9576892 +1    1.5294517 +1
  H     2.05500514 +1   14.0540224 +1    1.8735434 +1
  H     3.42318375 +1   13.1741830 +1    2.4627644 +1
  H     3.20065453 +1   10.7006930 +1    3.0177853 +1
  H     1.67672756 +1    8.6619863 +1    2.7357828 +1
  N     0.18497998 +1    9.8053184 +1    1.7845812 +1
  N     0.58713187 +1   12.1389196 +1    1.3715646 +1
  N     2.43590788 +1   13.1931043 +1    2.2445233 +1
  O    -1.28763487 +1   11.0877702 +1    0.6071230 +1
  C    -6.70359096 +1    3.2159769 +1    2.4998177 +1
  C    -4.71643661 +1    2.2329274 +1    1.6768175 +1
  C    -4.21882615 +1    3.5004869 +1    1.2296509 +1
  C    -5.02619121 +1    4.5971924 +1    1.4029104 +1
  H    -6.79160688 +1    5.3188055 +1    2.2449828 +1
  H    -4.47173704 +1    0.1961957 +1    1.7696711 +1
  H    -3.08510371 +1    1.0657361 +1    1.2029685 +1
  H    -3.24302494 +1    3.5627090 +1    0.7625891 +1
  H    -4.73874285 +1    5.6173903 +1    1.0841835 +1
  N    -6.26225554 +1    4.4697503 +1    1.9764555 +1
  N    -5.89737399 +1    2.1254477 +1    2.3400962 +1
  N    -4.07116544 +1    1.0605231 +1    1.4284071 +1
  O    -7.77865726 +1    3.1848660 +1    3.0904961 +1
  C     0.17911228 +1    6.2841990 +1    4.4163996 +1
  C    -1.79114296 +1    7.2557477 +1    3.5442005 +1
  C    -2.28936001 +1    5.9805351 +1    3.1202737 +1
  C    -1.48374319 +1    4.8862646 +1    3.3182497 +1
  H     0.27710706 +1    4.1789366 +1    4.1846842 +1
  H    -2.01111681 +1    9.2959579 +1    3.5665803 +1
  H    -3.40942627 +1    8.4284671 +1    3.0351118 +1
  H    -3.26194253 +1    5.9098668 +1    2.6482710 +1
  H    -1.76706642 +1    3.8616909 +1    3.0095595 +1
  N    -0.25465879 +1    5.0235204 +1    3.9038900 +1
  N    -0.62194808 +1    7.3742800 +1    4.2257883 +1
  N    -2.42064880 +1    8.4271956 +1    3.2494492 +1
  O     1.24182354 +1    6.3238589 +1    5.0286914 +1
  C    -6.22230812 +1    7.9916616 +1    3.1354524 +1
  C    -8.20495003 +1    7.0228345 +1    3.9864458 +1
  C    -8.69265122 +1    8.2966198 +1    4.4250703 +1
  C    -7.88822614 +1    9.3913864 +1    4.2237283 +1
  H    -6.14238094 +1   10.1028194 +1    3.3228087 +1
  H    -8.46817601 +1    4.9847411 +1    3.9104699 +1
  H    -9.85345629 +1    5.8767593 +1    4.4459944 +1
  H    -9.66226688 +1    8.3637353 +1    4.9053597 +1
  H    -8.17106291 +1   10.4116909 +1    4.5439286 +1
  N    -6.66425603 +1    9.2598283 +1    3.6241495 +1
  N    -7.02607035 +1    6.9030452 +1    3.3250396 +1
  N    -8.86372511 +1    5.8573114 +1    4.2385586 +1
  O    -5.15402843 +1    7.9398458 +1    2.5358428 +1
  C    -0.26620582 +1    1.5308157 +1    5.1195930 +1
  C     1.73043266 +1    2.5058656 +1    5.9258944 +1
  C     2.23743795 +1    1.2342713 +1    6.3488838 +1
  C     1.42371069 +1    0.1408564 +1    6.1840062 +1
  H    -0.35788274 +1   -0.5735110 +1    5.3642590 +1
  H     1.96820791 +1    4.5462789 +1    5.8661410 +1
  H     3.36452095 +1    3.6646164 +1    6.3977818 +1
  H     3.22558175 +1    1.1690388 +1    6.7910531 +1
  H     1.71368913 +1   -0.8813063 +1    6.4947738 +1
  N     0.17875116 +1    0.2741839 +1    5.6304029 +1
  N     0.54276538 +1    2.6200878 +1    5.2782683 +1
  N     2.37544107 +1    3.6765142 +1    6.1872420 +1
  O    -1.34243820 +1    1.5726495 +1    4.5325869 +1
  C    -6.79571368 +1   -6.2855110 +1    6.3487507 +1
  C    -4.81440869 +1   -7.3042794 +1    5.5688511 +1
  C    -4.29754315 +1   -6.0515441 +1    5.0994290 +1
  C    -5.08773889 +1   -4.9400300 +1    5.2544192 +1
  H    -6.84301976 +1   -4.1825962 +1    6.0880764 +1
  H    -4.56841014 +1   -9.3334595 +1    5.7584646 +1
  H    -3.17118716 +1   -8.4851772 +1    5.1910138 +1
  H    -3.31800137 +1   -6.0104325 +1    4.6356286 +1
  H    -4.78075382 +1   -3.9272897 +1    4.9301122 +1
  N    -6.32959631 +1   -5.0428383 +1    5.8225281 +1
  N    -6.01136448 +1   -7.3938213 +1    6.2057252 +1
  N    -4.16470251 +1   -8.4857702 +1    5.3823655 +1
  O    -7.86902419 +1   -6.2992934 +1    6.9440061 +1
  C     0.18434166 +1   -3.1871378 +1    8.2319236 +1
  C    -1.79632205 +1   -2.2294438 +1    7.3611313 +1
  C    -2.28740066 +1   -3.5085890 +1    6.9408311 +1
  C    -1.47986762 +1   -4.5990622 +1    7.1506939 +1
  H     0.26575959 +1   -5.2961020 +1    8.0440816 +1
  H    -2.03515737 +1   -0.1890303 +1    7.4060150 +1
  H    -3.43291696 +1   -1.0672953 +1    6.8886781 +1
  H    -3.25857285 +1   -3.5864395 +1    6.4668176 +1
  H    -1.75669890 +1   -5.6276055 +1    6.8495528 +1
  N    -0.25253855 +1   -4.4551768 +1    7.7403705 +1
  N    -0.61743358 +1   -2.1024956 +1    8.0247491 +1
  N    -2.44352725 +1   -1.0616829 +1    7.0972154 +1
  O     1.24616910 +1   -3.1413675 +1    8.8448415 +1
  C    -6.24588625 +1   -1.5263848 +1    7.0496300 +1
  C    -8.23609006 +1   -2.5066982 +1    7.8632240 +1
  C    -8.75564192 +1   -1.2343435 +1    8.2671864 +1
  C    -7.95360914 +1   -0.1351334 +1    8.0841753 +1
  H    -6.17337754 +1    0.5807407 +1    7.2638534 +1
  H    -8.45796527 +1   -4.5500200 +1    7.8256477 +1
  H    -9.86588956 +1   -3.6738718 +1    8.3266241 +1
  H    -9.74425148 +1   -1.1739014 +1    8.7077970 +1
  H    -8.25630412 +1    0.8888824 +1    8.3746492 +1
  N    -6.70554408 +1   -0.2663041 +1    7.5373429 +1
  N    -7.04470641 +1   -2.6210455 +1    7.2225409 +1
  N    -8.87514188 +1   -3.6791047 +1    8.1337723 +1
  O    -5.17049817 +1   -1.5682617 +1    6.4610876 +1
  C    -0.22179673 +1   11.0531726 +1    5.0369586 +1
  C     1.77653371 +1   12.0252001 +1    5.8378232 +1
  C     2.25299661 +1   10.7622089 +1    6.3204028 +1
  C     1.43014750 +1    9.6727169 +1    6.1717995 +1
  H    -0.34212633 +1    8.9557361 +1    5.3325227 +1
  H     2.05890266 +1   14.0551779 +1    5.6832816 +1
  H     3.43055308 +1   13.1764797 +1    6.2694049 +1
  H     3.22645138 +1   10.6978317 +1    6.7929626 +1
  H     1.70213937 +1    8.6573277 +1    6.5187797 +1
  N     0.19933592 +1    9.8034724 +1    5.5874712 +1
  N     0.59699954 +1   12.1380065 +1    5.1744049 +1
  N     2.44391545 +1   13.1934001 +1    6.0482120 +1
  O    -1.28820480 +1   11.0894360 +1    4.4326575 +1
  C    -6.71518549 +1    3.2050022 +1    6.2994297 +1
  C    -4.72837596 +1    2.2283334 +1    5.4672932 +1
  C    -4.22786778 +1    3.5012755 +1    5.0386755 +1
  C    -5.03384228 +1    4.5968291 +1    5.2237774 +1
  H    -6.79789227 +1    5.3119145 +1    6.0727868 +1
  H    -4.47776545 +1    0.1931149 +1    5.5595772 +1
  H    -3.09075564 +1    1.0660271 +1    5.0044792 +1
  H    -3.24847445 +1    3.5688393 +1    4.5797812 +1
  H    -4.74311663 +1    5.6210781 +1    4.9214880 +1
  N    -6.27201093 +1    4.4645909 +1    5.7929476 +1
  N    -5.91335881 +1    2.1143512 +1    6.1220937 +1
  N    -4.08084157 +1    1.0577053 +1    5.2135232 +1
  O    -7.78669424 +1    3.1686248 +1    6.8966376 +1
  C     0.20959328 +1    6.3174674 +1    8.1796769 +1
  C    -1.78025055 +1    7.2659758 +1    7.3273809 +1
  C    -2.27993454 +1    5.9836127 +1    6.9295283 +1
  C    -1.45796217 +1    4.8990918 +1    7.1137157 +1
  H     0.32388441 +1    4.2145233 +1    7.9413344 +1
  H    -1.99454454 +1    9.3067171 +1    7.3242777 +1
  H    -3.41309709 +1    8.4353884 +1    6.8569120 +1
  H    -3.26447141 +1    5.8999530 +1    6.4860677 +1
  H    -1.73403206 +1    3.8676082 +1    6.8198346 +1
  N    -0.21707636 +1    5.0543671 +1    7.6696068 +1
  N    -0.59890206 +1    7.3995365 +1    7.9853878 +1
  N    -2.41762680 +1    8.4337746 +1    7.0357976 +1
  O     1.27175411 +1    6.3642399 +1    8.7935478 +1
  C    -6.21578017 +1    7.9946426 +1    6.9651775 +1
  C    -8.21055090 +1    7.0254900 +1    7.7852470 +1
  C    -8.70690782 +1    8.2990061 +1    8.2166393 +1
  C    -7.90364803 +1    9.3950925 +1    8.0193427 +1
  H    -6.14966102 +1   10.1067117 +1    7.1354186 +1
  H    -8.46544895 +1    4.9853287 +1    7.7099061 +1
  H    -9.86037346 +1    5.8760895 +1    8.2300518 +1
  H    -9.68078849 +1    8.3644363 +1    8.6897904 +1
  H    -8.19266676 +1   10.4168505 +1    8.3299224 +1
  N    -6.67135869 +1    9.2640356 +1    7.4362955 +1
  N    -7.01933607 +1    6.9049223 +1    7.1455198 +1
  N    -8.87209377 +1    5.8589667 +1    8.0190012 +1
  O    -5.13826109 +1    7.9412645 +1    6.3822035 +1
 Tv    12.88628068 +1   -0.1139538 +1    0.0694980 +1 
 Tv     0.15688247 +1   19.0457912 +1   -0.3062161 +1 
 Tv    -0.06192117 +1    0.0553165 +1   11.3077898 +1 
 

  Optimized PM6_D3H4 data set:
 MERS=(1,2,3) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
 Cytosine (PM6-D3H4)

  C    -0.31437278 +1    1.4263640 +1   -2.5118255 +1
  C     1.63943377 +1    2.4911508 +1   -1.6637060 +1
  C     2.16443617 +1    1.2457732 +1   -1.1729670 +1
  C     1.39975553 +1    0.1161349 +1   -1.3189315 +1
  H    -0.34114672 +1   -0.6965830 +1   -2.1718163 +1
  H     1.79276174 +1    4.5527957 +1   -1.7475524 +1
  H     3.21967316 +1    3.7127258 +1   -1.0713996 +1
  H     3.13917177 +1    1.2323737 +1   -0.6877581 +1
  H     1.69845288 +1   -0.8706366 +1   -0.9206783 +1
  N     0.18233920 +1    0.1833098 +1   -1.9730879 +1
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  C    -4.86758542 +1   -7.3613851 +1   -2.0654087 +1
  C    -4.35619886 +1   -6.1212477 +1   -2.5914054 +1
  C    -5.12632976 +1   -4.9927901 +1   -2.4686388 +1
  H    -6.86906848 +1   -4.1774913 +1   -1.6381697 +1
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  N    -6.35058933 +1   -5.0581436 +1   -1.8278824 +1
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  O    -7.90488908 +1   -6.2475819 +1   -0.6391124 +1
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  N    -6.01552366 +1    2.2131901 +1   -1.5164677 +1
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  C    -4.86155618 +1   -7.3672922 +1    1.7487541 +1
  C    -4.35403091 +1   -6.1256974 +1    1.2231224 +1
  C    -5.12054808 +1   -4.9963133 +1    1.3592494 +1
  H    -6.85067009 +1   -4.1815044 +1    2.2175515 +1
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  H    -3.23629233 +1   -8.5634140 +1    1.2249413 +1
  H    -3.39144220 +1   -6.1070865 +1    0.7219056 +1
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  C    -1.47767500 +1   -4.7611908 +1    3.2971081 +1
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  N    -0.28668446 +1   -4.7002820 +1    3.9987283 +1
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  C    -6.21186081 +1   -1.4535764 +1    3.2250879 +1
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  N    -6.71413582 +1   -0.2035513 +1    3.7465247 +1
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  C    -0.27766078 +1   11.0328077 +1    1.2207681 +1
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  H    -0.34002109 +1    8.9180320 +1    1.6048197 +1
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  H     3.15165184 +1   10.8218097 +1    3.0804247 +1
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  N     0.19944539 +1    9.7909382 +1    1.7830794 +1
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