Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Chlorapatite (Ca5(PO4)3Cl)
783 Chlorapatite (Ca5(PO4)3Cl)
(Previous) Fluorapatite (Ca5(PO4)3F)
(Back) Elements:
Ca 5
P 3
O 12
Cl 1
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Scandium (Sc) (ICSD 52411) hcp
In the ACSD entry 0017642, from a 1932 year article, one of the P-O distances is given as 1.855 Angstroms.
This is unusually long, and in the optimized structure the bond length is significantly shorter.
See also: Fluorapatite and Hydroxylapatite
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 6.85 9.52 16.49 90.00 90.00 90.00 1075.28 3.217 -1375.0 calc'd using PM7
PM7: 6.50 9.49 16.42 90.00 89.90 90.03 1012.56 3.416 -1602.7 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 7.04 9.49 16.04 87.38 91.25 89.69 1070.31 3.232 -1441.3 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 13:53:02 |
Feb 23 2021 @ 10:00:54
ARC file |
Feb 24 2021 @ 08:28:55 |
X-Ray data set:
MERS=(2,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 1SCF GRADIENTS
Chlorapatite (Ca5(PO4)3Cl)
h=-1574.9 hr=guess
Ca 0.00000000 +1 0.0000000 +1 0.0000000 +1
Ca 2.59211407 +1 -6.4860816 +1 5.9440453 +1
P 3.55441147 +1 1.3106978 +1 0.0000000 +1
O 1.98627669 +1 0.8559151 +1 0.8793220 +1
O 3.25629653 +1 2.5649016 +1 -0.7966300 +1
O 3.90869005 +1 -0.0174460 +1 -0.8032402 +1
Cl 4.84898456 +1 -2.5828742 +1 0.1487474 +1
O 4.60963597 +1 1.4130797 +1 1.1866522 +1
Ca 4.80008292 +1 -7.2451509 +1 -3.0626968 +1
P 7.02438490 +1 -6.0922553 +1 -4.6750263 +1
O 5.31958156 +1 -7.2372387 +1 5.5232897 +1
O 8.40846281 +1 -6.7073969 +1 -4.7203494 +1
O 6.51417120 +1 -5.5019879 +1 -3.2876820 +1
O 5.81322552 +1 -6.9325134 +1 -5.2775746 +1
Ca 1.16334419 +1 -5.3079952 +1 -3.1742570 +1
P 3.49765136 +1 -3.9272959 +1 3.7855663 +1
O 5.01664396 +1 -4.9699997 +1 4.0000918 +1
O 2.41168871 +1 -4.5663583 +1 4.6275195 +1
O 3.30231886 +1 -3.9062053 +1 2.2059696 +1
O 4.00326474 +1 -2.4756800 +1 4.1958617 +1
Ca -0.94183616 +1 -1.9221461 +1 -2.6737466 +1
Ca 5.45485891 +1 -7.1173519 +1 3.1951437 +1
Ca 4.51302284 +1 -9.0394981 +1 0.5213968 +1
Ca 8.75613297 +1 -7.0878946 +1 -2.3762519 +1
Ca -0.33596141 +1 -6.4566237 +1 0.3726498 +1
Ca 9.69796888 +1 -5.1657481 +1 0.2974945 +1
Ca 0.60587487 +1 -4.5344778 +1 3.0463966 +1
Ca -0.65477678 +1 -0.1277988 +1 -6.2578401 +1
Ca 3.01421419 +1 -1.7648891 +1 -1.9873024 +1
Ca 6.65095311 +1 -3.7020451 +1 -1.8757418 +1
Ca 6.61820400 +1 -12.4253472 +1 0.0208862 +1
Ca 3.46862006 +1 -5.1657478 +1 0.2974955 +1
P 0.78991219 +1 -2.9177848 +1 -0.3749730 +1
P -2.89265956 +1 -0.6067118 +1 -0.7391971 +1
P 0.68869767 +1 0.6409063 +1 -2.8976492 +1
O -0.13527770 +1 -0.1198868 +1 2.3281465 +1
O -0.43821526 +1 2.1473521 +1 0.8049486 +1
O 8.71115619 +1 -4.5524506 +1 2.3985134 +1
O -0.68451360 +1 -6.0756563 +1 -1.9714747 +1
O -0.59416571 +1 -2.3026432 +1 -0.3296499 +1
O -1.80669681 +1 0.0323505 +1 -1.5811503 +1
O 0.98681287 +1 -0.6132975 +1 -2.1010193 +1
O 1.30012544 +1 -3.5080528 +1 -1.7623170 +1
O 2.75841525 +1 -7.7456241 +1 4.0355712 +1
O 5.08833293 +1 -6.5788281 +1 -0.8891573 +1
O 0.11739956 +1 -5.9218190 +1 -5.1199186 +1
O 3.94114132 +1 -5.3318579 +1 7.3931727 +1
O 3.90560703 +1 -8.9925941 +1 -4.2467590 +1
Cl 3.90714855 +1 -4.5050204 +1 -2.5249994 +1
Ca -2.86362829 +1 0.6317407 +1 2.7488749 +1
P 9.00927210 +1 -5.8066554 +1 3.1951430 +1
O 7.44113740 +1 -6.2614383 +1 4.0744651 +1
O 9.36355068 +1 -7.1347993 +1 2.3919028 +1
Cl -4.24399205 +1 -1.9511338 +1 2.8976223 +1
O 10.06449661 +1 -5.7042736 +1 4.3817952 +1
P -2.06859149 +1 -5.4605147 +1 -1.9261516 +1
O -2.57792237 +1 -4.8707175 +1 -0.5387808 +1
O -3.27886841 +1 -6.3012430 +1 -2.5286731 +1
P -1.95720878 +1 3.1900568 +1 0.5904227 +1
O -3.04317042 +1 2.5509945 +1 1.4323754 +1
O -2.15342350 +1 3.2116173 +1 -0.9892015 +1
O -1.45247746 +1 4.6421428 +1 1.0006911 +1
Ca 8.46907482 +1 -8.8822424 +1 1.2078406 +1
Ca -2.44114163 +1 -3.0707747 +1 0.8731591 +1
Ca -1.98712182 +1 1.9520745 +1 -2.8976766 +1
P 6.24477280 +1 -10.0351380 +1 2.8201701 +1
P 2.56308308 +1 -7.7245347 +1 2.4559725 +1
P 6.14355854 +1 -6.4764473 +1 0.2974936 +1
O 4.86157641 +1 -9.4204660 +1 2.8655203 +1
O 3.64816443 +1 -7.0850026 +1 1.6139920 +1
O 6.44167330 +1 -7.7306511 +1 1.0941237 +1
O 6.75498563 +1 -10.6254059 +1 1.4328259 +1
O -2.69732705 +1 -0.6278023 +1 0.8403996 +1
O -0.36652643 +1 0.5385241 +1 -4.0843005 +1
O 5.57225990 +1 -13.0391719 +1 -1.9247754 +1
O -3.39827290 +1 -2.0583275 +1 -1.1494916 +1
O -1.54925261 +1 -1.8752426 +1 -7.4419026 +1
Cl -5.18582807 +1 -3.8732800 +1 0.2238755 +1
O 0.74142690 +1 -4.4140295 +1 0.7190315 +1
O 1.04436479 +1 -6.6812686 +1 2.2422302 +1
O 7.71196630 +1 -6.0211023 +1 -0.5810454 +1
O -1.38012749 +1 -5.3898310 +1 2.1678557 +1
O 9.83352183 +1 -5.0453004 +1 -2.0298704 +1
O -4.41137844 +1 0.4365542 +1 -0.9529408 +1
Ca 1.88367201 +1 3.8442923 +1 5.3474940 +1
Ca 4.47578609 +1 -2.6417893 +1 11.2915394 +1
P 5.43808348 +1 5.1549901 +1 5.3474940 +1
O 3.86994870 +1 4.7002074 +1 6.2268160 +1
O 5.13996855 +1 6.4091939 +1 4.5508640 +1
O 5.79236206 +1 3.8268463 +1 4.5442539 +1
Cl 6.73265657 +1 1.2614181 +1 5.4962414 +1
O 6.49330798 +1 5.2573719 +1 6.5341463 +1
Ca 6.68375494 +1 -3.4008586 +1 2.2847972 +1
P 8.90805692 +1 -2.2479630 +1 0.6724677 +1
O 7.20325357 +1 -3.3929464 +1 10.8707837 +1
O 10.29213482 +1 -2.8631046 +1 0.6271446 +1
O 8.39784321 +1 -1.6576956 +1 2.0598121 +1
O 7.69689753 +1 -3.0882211 +1 0.0699194 +1
Ca 3.04701620 +1 -1.4637029 +1 2.1732370 +1
P 5.38132338 +1 -0.0830036 +1 9.1330604 +1
O 6.90031597 +1 -1.1257074 +1 9.3475859 +1
O 4.29536072 +1 -0.7220660 +1 9.9750136 +1
O 5.18599087 +1 -0.0619130 +1 7.5534637 +1
O 5.88693675 +1 1.3686123 +1 9.5433558 +1
Ca 0.94183586 +1 1.9221462 +1 2.6737474 +1
Ca 7.33853092 +1 -3.2730596 +1 8.5426378 +1
Ca 6.39669485 +1 -5.1952058 +1 5.8688909 +1
Ca 10.63980498 +1 -3.2436023 +1 2.9712422 +1
Ca 1.54771061 +1 -2.6123314 +1 5.7201439 +1
Ca 11.58164089 +1 -1.3214558 +1 5.6449886 +1
Ca 2.48954689 +1 -0.6901855 +1 8.3938906 +1
Ca 1.22889523 +1 3.7164936 +1 -0.9103461 +1
Ca 4.89788620 +1 2.0794032 +1 3.3601916 +1
Ca 8.53462512 +1 0.1422472 +1 3.4717523 +1
Ca 8.50187602 +1 -8.5810549 +1 5.3683803 +1
Ca 5.35229207 +1 -1.3214555 +1 5.6449895 +1
P 2.67358420 +1 0.9265075 +1 4.9725211 +1
P -1.00898755 +1 3.2375805 +1 4.6082969 +1
P 2.57236969 +1 4.4851986 +1 2.4498448 +1
O 1.74839432 +1 3.7244055 +1 7.6756406 +1
O 1.44545676 +1 5.9916444 +1 6.1524426 +1
O 10.59482821 +1 -0.7081583 +1 7.7460075 +1
O 1.19915842 +1 -2.2313640 +1 3.3760193 +1
O 1.28950630 +1 1.5416491 +1 5.0178442 +1
O 0.07697521 +1 3.8766428 +1 3.7663437 +1
O 2.87048488 +1 3.2309948 +1 3.2464748 +1
O 3.18379746 +1 0.3362395 +1 3.5851771 +1
O 4.64208726 +1 -3.9013318 +1 9.3830652 +1
O 6.97200494 +1 -2.7345358 +1 4.4583367 +1
O 2.00107158 +1 -2.0775267 +1 0.2275754 +1
O 5.82481333 +1 -1.4875656 +1 12.7406667 +1
O 5.78927904 +1 -5.1483018 +1 1.1007350 +1
Cl 5.79082056 +1 -0.6607281 +1 2.8224947 +1
Ca -0.97995628 +1 4.4760330 +1 8.0963689 +1
P 10.89294411 +1 -1.9623631 +1 8.5426370 +1
O 9.32480941 +1 -2.4171460 +1 9.4219591 +1
O 11.24722269 +1 -3.2905070 +1 7.7393969 +1
Cl -2.36032004 +1 1.8931585 +1 8.2451164 +1
O 11.94816862 +1 -1.8599813 +1 9.7292893 +1
P -0.18491948 +1 -1.6162224 +1 3.4213424 +1
O -0.69425035 +1 -1.0264252 +1 4.8087133 +1
O -1.39519640 +1 -2.4569507 +1 2.8188210 +1
P -0.07353677 +1 7.0343491 +1 5.9379167 +1
O -1.15949841 +1 6.3952868 +1 6.7798695 +1
O -0.26975149 +1 7.0559096 +1 4.3582926 +1
O 0.43119455 +1 8.4864351 +1 6.3481851 +1
Ca 10.35274683 +1 -5.0379501 +1 6.5553347 +1
Ca -0.55746962 +1 0.7735176 +1 6.2206531 +1
Ca -0.10344981 +1 5.7963668 +1 2.4498175 +1
P 8.12844481 +1 -6.1908457 +1 8.1676642 +1
P 4.44675509 +1 -3.8802424 +1 7.8034665 +1
P 8.02723055 +1 -2.6321550 +1 5.6449877 +1
O 6.74524842 +1 -5.5761737 +1 8.2130143 +1
O 5.53183644 +1 -3.2407103 +1 6.9614860 +1
O 8.32534531 +1 -3.8863588 +1 6.4416177 +1
O 8.63865765 +1 -6.7811136 +1 6.7803199 +1
O -0.81365504 +1 3.2164900 +1 6.1878936 +1
O 1.51714558 +1 4.3828164 +1 1.2631935 +1
O 7.45593191 +1 -9.1948796 +1 3.4227186 +1
O -1.51460089 +1 1.7859648 +1 4.1980025 +1
O 0.33441941 +1 1.9690497 +1 -2.0944086 +1
Cl -3.30215606 +1 -0.0289877 +1 5.5713695 +1
O 2.62509892 +1 -0.5697372 +1 6.0665256 +1
O 2.92803680 +1 -2.8369763 +1 7.5897243 +1
O 9.59563831 +1 -2.1768100 +1 4.7664486 +1
O 0.50354452 +1 -1.5455387 +1 7.5153498 +1
O 11.71719384 +1 -1.2010081 +1 3.3176236 +1
O -2.52770643 +1 4.2808465 +1 4.3945532 +1
Tv 3.76734402 +1 7.6885846 +1 10.6949881 +1
Tv 3.63723493 +1 6.4860816 +1 -5.9440453 +1
Tv -14.54783695 +1 7.7490937 +1 -0.4462683 +1
Optimized PM7 data set:
MERS=(2,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Chlorapatite (Ca5(PO4)3Cl)
h=-1574.9 hr=guess
Ca 0.04434189 +1 0.1338614 +1 0.1435631 +1
Ca 2.64536689 +1 -6.4020492 +1 5.8923035 +1
P 3.30959823 +1 1.1817923 +1 0.2542454 +1
O 2.10322936 +1 0.5878321 +1 1.0148529 +1
O 3.17488468 +1 2.5324077 +1 -0.5057926 +1
O 3.86455013 +1 0.2553516 +1 -0.8760205 +1
Cl 4.70531675 +1 -2.4806820 +1 0.1903142 +1
O 4.54393718 +1 1.2860233 +1 1.1783086 +1
Ca 4.87425939 +1 -7.0778347 +1 -2.6576440 +1
P 6.97465043 +1 -5.5925095 +1 -4.5658669 +1
O 4.99330770 +1 -7.1771843 +1 5.6350644 +1
O 8.41289983 +1 -6.0282913 +1 -4.2233888 +1
O 6.16512881 +1 -5.2578755 +1 -3.2815340 +1
O 6.31264766 +1 -6.9069144 +1 -5.0596528 +1
Ca 1.15714551 +1 -5.1655688 +1 -2.9761605 +1
P 3.75275793 +1 -4.0144201 +1 3.7780778 +1
O 5.11617286 +1 -4.7213722 +1 3.8677655 +1
O 2.50924143 +1 -4.6018465 +1 4.5040542 +1
O 3.31570996 +1 -3.7930508 +1 2.2955769 +1
O 3.75756757 +1 -2.5367198 +1 4.2824090 +1
Ca -0.93404480 +1 -1.6743764 +1 -2.5422060 +1
Ca 5.43194400 +1 -6.9977676 +1 3.3307633 +1
Ca 4.56955120 +1 -8.9354319 +1 0.7055789 +1
Ca 8.83484809 +1 -6.8684404 +1 -2.1150386 +1
Ca -0.28837213 +1 -6.3340335 +1 0.7023528 +1
Ca 9.70453685 +1 -5.1687914 +1 0.3824263 +1
Ca 0.56073591 +1 -4.5171529 +1 3.1552961 +1
Ca -0.61352430 +1 -0.0216422 +1 -5.9503997 +1
Ca 3.02984478 +1 -1.4802739 +1 -1.9189006 +1
Ca 6.67114998 +1 -3.6654170 +1 -1.7240157 +1
Ca 6.56118643 +1 -12.1109211 +1 0.3317184 +1
Ca 3.49048632 +1 -5.1274824 +1 0.5136806 +1
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O 3.09285599 +1 -7.3802572 +1 3.9515143 +1
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O 0.19637213 +1 -5.6955125 +1 -4.8611281 +1
O 4.15448676 +1 -5.1907632 +1 7.0015393 +1
O 4.07821414 +1 -8.9574338 +1 -3.5955390 +1
Cl 3.73012842 +1 -4.2330178 +1 -2.2701119 +1
Ca -2.78285096 +1 0.6734912 +1 2.8460046 +1
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O 7.49364409 +1 -6.5022413 +1 4.1892172 +1
O 9.21194916 +1 -6.8446847 +1 2.2207059 +1
Cl -4.22945172 +1 -1.8656448 +1 3.0822201 +1
O 9.95619523 +1 -5.9398919 +1 4.3224828 +1
P -1.95818395 +1 -4.8694648 +1 -1.7072174 +1
O -1.79355176 +1 -4.5818756 +1 -0.1851783 +1
O -3.29281109 +1 -5.6184046 +1 -1.8862161 +1
P -1.66183325 +1 3.0520149 +1 0.6757527 +1
O -2.71836786 +1 2.6707868 +1 1.7371549 +1
O -2.48286608 +1 2.9631126 +1 -0.6447707 +1
O -1.33856957 +1 4.5641670 +1 0.7746192 +1
Ca 8.41979056 +1 -8.7125607 +1 1.3062576 +1
Ca -2.43600371 +1 -2.9822193 +1 1.1411881 +1
Ca -2.05178729 +1 2.0134755 +1 -2.5965249 +1
P 6.29138928 +1 -10.1479113 +1 3.1643303 +1
P 2.30355309 +1 -7.4592229 +1 2.6186271 +1
P 6.44167628 +1 -6.1995522 +1 0.2747443 +1
O 4.91840939 +1 -9.4164251 +1 3.1383543 +1
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O 6.60334804 +1 -10.3092356 +1 1.6379974 +1
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O -3.16736138 +1 -1.9122691 +1 -0.9338851 +1
O -1.44910093 +1 -1.4254850 +1 -7.5198966 +1
Cl -5.08744428 +1 -3.7709632 +1 0.5436600 +1
O 1.13986880 +1 -4.3590599 +1 0.8590835 +1
O 0.97126230 +1 -6.6666725 +1 2.5832601 +1
O 7.67987196 +1 -5.6419407 +1 -0.4758881 +1
O -1.47529277 +1 -5.1163909 +1 2.2292342 +1
O 10.11242533 +1 -4.9659866 +1 -1.9272175 +1
O -4.45200902 +1 0.3160538 +1 -0.5902149 +1
Ca 1.76512019 +1 3.7137805 +1 5.2809777 +1
Ca 4.38811457 +1 -2.8351947 +1 11.0479723 +1
P 5.02598605 +1 4.8020817 +1 5.3338178 +1
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O 5.70107356 +1 3.5043513 +1 4.8336056 +1
Cl 6.67265188 +1 0.9994590 +1 5.4142231 +1
O 6.18457551 +1 5.5023565 +1 6.1128617 +1
Ca 6.66659010 +1 -3.4724211 +1 2.4062673 +1
P 8.74736273 +1 -2.0105278 +1 0.5357435 +1
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O 10.06758040 +1 -2.8266498 +1 0.4632782 +1
O 8.58084474 +1 -1.8462843 +1 2.0832560 +1
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Ca 2.95530084 +1 -1.3723588 +1 2.2660893 +1
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P -1.34464180 +1 3.2985530 +1 4.5305224 +1
P 2.80340812 +1 4.5266939 +1 2.1805574 +1
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O 5.95146432 +1 -5.4312498 +1 1.5367078 +1
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Cl -2.46556027 +1 1.8627585 +1 8.0614739 +1
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P 0.08812053 +1 6.7124512 +1 5.6925270 +1
O -1.13701311 +1 6.0590811 +1 6.3784482 +1
O -0.28840074 +1 7.0176112 +1 4.2211090 +1
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Ca 10.19644097 +1 -5.0539232 +1 6.3700582 +1
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P 8.09594136 +1 -6.5395652 +1 8.2478381 +1
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Cl -3.25910437 +1 -0.0630173 +1 5.6393467 +1
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O -2.70899661 +1 4.0066842 +1 4.4930937 +1
Tv 3.57319536 +1 7.2742051 +1 10.1590956 +1
Tv 3.63023391 +1 6.4699916 +1 -5.9162101 +1
Tv -14.47570636 +1 7.7438676 +1 -0.4155916 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(2,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Chlorapatite (Ca5(PO4)3Cl) (PM6-D3H4)
h=-1574.9 hr=guess
Ca 0.17137550 +1 -0.2420759 +1 0.0283694 +1
Ca 2.81793382 +1 -6.4118826 +1 5.9782874 +1
P 3.37955984 +1 1.2444335 +1 0.1616012 +1
O 2.18573515 +1 0.6590789 +1 1.0098642 +1
O 3.01490634 +1 2.3796735 +1 -0.8586631 +1
O 4.03283385 +1 0.0057665 +1 -0.5255233 +1
Cl 4.83380247 +1 -2.5399797 +1 0.1381720 +1
O 4.53750245 +1 1.8848746 +1 1.0266336 +1
Ca 4.44972328 +1 -7.3253976 +1 -3.0834644 +1
P 6.64645293 +1 -5.7926904 +1 -4.8125753 +1
O 5.06627702 +1 -7.2526501 +1 5.8005925 +1
O 8.11944014 +1 -6.3432564 +1 -4.5783333 +1
O 6.03347360 +1 -5.6351778 +1 -3.3833612 +1
O 5.96810693 +1 -6.9600633 +1 -5.6069381 +1
Ca 1.11679270 +1 -5.2569892 +1 -3.5014838 +1
P 3.77853783 +1 -4.4640548 +1 3.5556471 +1
O 5.21487768 +1 -5.1118825 +1 3.7551263 +1
O 2.94669236 +1 -4.3979085 +1 4.8812489 +1
O 2.78682566 +1 -4.9847494 +1 2.4186003 +1
O 4.21562367 +1 -3.0043451 +1 3.1162947 +1
Ca -0.85420814 +1 -1.9129337 +1 -2.9579399 +1
Ca 5.54310594 +1 -7.3407784 +1 3.3412132 +1
Ca 4.47520219 +1 -8.9712687 +1 0.3385122 +1
Ca 8.48038430 +1 -7.0966420 +1 -2.3214449 +1
Ca -0.33761353 +1 -6.6332488 +1 0.2307068 +1
Ca 9.34941352 +1 -4.8351087 +1 0.2175290 +1
Ca 0.57885842 +1 -4.4111658 +1 2.7854818 +1
Ca -0.95547170 +1 -0.2866087 +1 -6.4391577 +1
Ca 3.13212902 +1 -1.5513470 +1 -2.0941581 +1
Ca 6.43846136 +1 -3.7567847 +1 -1.9211843 +1
Ca 6.51161092 +1 -12.3070078 +1 -0.0617690 +1
Ca 3.35661916 +1 -5.2756939 +1 0.1938869 +1
P 0.85943550 +1 -3.1509876 +1 -0.5670023 +1
P -3.03164504 +1 -0.2004298 +1 -0.7274746 +1
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O -0.36065501 +1 -0.1786021 +1 2.6216323 +1
O -0.17066515 +1 1.9671835 +1 0.4324728 +1
O 8.38999332 +1 -4.7286537 +1 2.4149534 +1
O -0.64947897 +1 -6.1029665 +1 -2.3672234 +1
O -0.53811153 +1 -2.4354874 +1 -0.3313141 +1
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