Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
1,4-diazabicyclo[2.2.2]octane azelaic acid (UNEGEZ)
232 1,4-diazabicyclo[2.2.2]octane azelaic acid (UNEGEZ)
(Previous) 4-(Dimethylamino)pyridinium hydrogen phthalate (GUKVOY)
(Back) Elements:
O 4
C 15
H 28
N 2
(Z = 4)
(Periodic Table)
(Next) Resorcinol bis(caprolactam) (QQQGHM01)
In the crystal, each diazabicyclooctane forms one symmetric and one unsymmetric
hydrogen bond. The semiempirical methods predict almost identical unsymmetrical
hydrogen bonds. Application of a small isotropic pressure would give the correct
structure.
This represents a fault in the semiempirical methods.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 28.15 8.60 6.98 90.00 93.00 90.00 1687.42 1.182 -44.6 calc'd using PM7
PM7: 28.29 8.08 7.14 89.27 92.95 90.28 1628.22 1.225 -256.1 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 30.82 8.22 5.89 86.44 89.82 89.07 1488.91 1.340 -228.5 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 11:48:11 |
Feb 23 2021 @ 01:19:17
ARC file |
Feb 23 2021 @ 18:28:19 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) CCDC CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
1,4-diazabicyclo[2.2.2]octane azelaic acid (UNEGEZ)
O -0.04473795 +1 0.1782891 +1 0.1564544 +1
O -14.07958147 +1 -2.0643726 +1 -12.7328013 +1
C -13.22616484 +1 -2.8741874 +1 -13.0086123 +1
C -11.94207489 +1 -3.1538986 +1 -12.2904194 +1
H -11.09976845 +1 -2.9408495 +1 -12.9886407 +1
H -11.87434976 +1 -4.2458223 +1 -12.0735950 +1
C -11.76542925 +1 -2.3563338 +1 -10.9949097 +1
H -12.58591485 +1 -2.5677265 +1 -10.2855236 +1
H -11.81066793 +1 -1.2687270 +1 -11.1929184 +1
C -10.41005593 +1 -2.7465560 +1 -10.3941943 +1
H -10.41038949 +1 -3.8329022 +1 -10.1664226 +1
H -9.61598746 +1 -2.5975120 +1 -11.1562340 +1
C -10.03572210 +1 -1.9675361 +1 -9.1287755 +1
H -10.73903686 +1 -2.1832111 +1 -8.3027908 +1
H -10.10467248 +1 -0.8773058 +1 -9.3033066 +1
C -8.60598625 +1 -2.3667188 +1 -8.7404766 +1
H -8.55256037 +1 -3.4676180 +1 -8.6087057 +1
H -7.91597495 +1 -2.1304213 +1 -9.5755145 +1
C -8.11763441 +1 -1.6846106 +1 -7.4598591 +1
H -8.16749662 +1 -0.5836211 +1 -7.5517279 +1
H -8.77627416 +1 -1.9398325 +1 -6.6069293 +1
C -6.68075087 +1 -2.1374668 +1 -7.1907953 +1
H -6.60187969 +1 -3.2498427 +1 -7.2556100 +1
H -5.99547940 +1 -1.7585993 +1 -7.9813652 +1
C -6.19309215 +1 -1.7036529 +1 -5.8452023 +1
O -6.85119183 +1 -1.2759631 +1 -4.9213022 +1
O -4.87624908 +1 -1.8797379 +1 -5.7539649 +1
C 11.77492304 +1 -1.5255360 +1 12.0019567 +1
H 12.83223384 +1 -1.4908329 +1 11.6597173 +1
H 11.65754432 +1 -0.7876294 +1 12.8195553 +1
C 10.81560450 +1 -1.2143745 +1 10.8195490 +1
H 10.25739991 +1 -0.2723321 +1 10.9876584 +1
H 11.38889054 +1 -1.0891450 +1 9.8749077 +1
C 10.10188538 +1 -2.9469944 +1 13.0372550 +1
H 10.00873530 +1 -2.2683279 +1 13.9091379 +1
H 9.89279044 +1 -3.9834345 +1 13.3813558 +1
C 9.10713617 +1 -2.5464192 +1 11.9111431 +1
H 8.34470401 +1 -3.3372222 +1 11.7507762 +1
H 8.56129855 +1 -1.6189456 +1 12.1789667 +1
C 11.65715657 +1 -3.8623284 +1 11.4228486 +1
H 11.53873223 +1 -4.8896698 +1 11.8263761 +1
H 12.68728748 +1 -3.7848987 +1 11.0133430 +1
C 10.60566720 +1 -3.5724258 +1 10.3139095 +1
H 11.09699286 +1 -3.4420228 +1 9.3276456 +1
H 9.88786063 +1 -4.4160188 +1 10.2226137 +1
N 11.50206093 +1 -2.8877714 +1 12.5362902 +1
N 9.84749661 +1 -2.3311920 +1 10.6385437 +1
H -4.44408408 +1 -1.6031630 +1 -4.8376460 +1
H 12.62381039 +1 -3.1818372 +1 13.8742432 +1
O 13.34385096 +1 -3.3947985 +1 14.5789953 +1
O -0.81337869 +1 -1.3576436 +1 1.5718089 +1
C 0.06606416 +1 -0.5970049 +1 1.2317227 +1
C 1.37761112 +1 -0.3509393 +1 1.9088521 +1
H 2.19439169 +1 -0.6103342 +1 1.1966294 +1
H 1.49297074 +1 0.7395115 +1 2.1021473 +1
C 1.54165081 +1 -1.1357674 +1 3.2117128 +1
H 0.70858308 +1 -0.9270855 +1 3.9076415 +1
H 1.50502487 +1 -2.2250141 +1 3.0198758 +1
C 2.88398876 +1 -0.7274578 +1 3.8252105 +1
H 2.86371024 +1 0.3533034 +1 4.0743279 +1
H 3.68593676 +1 -0.8397340 +1 3.0642194 +1
C 3.26129121 +1 -1.5317039 +1 5.0726230 +1
H 2.55797928 +1 -1.3367581 +1 5.9034215 +1
H 3.19396757 +1 -2.6193100 +1 4.8784677 +1
C 4.68954238 +1 -1.1324433 +1 5.4624499 +1
H 4.73624311 +1 -0.0346497 +1 5.6167583 +1
H 5.37629102 +1 -1.3403376 +1 4.6165741 +1
C 5.18565880 +1 -1.8454326 +1 6.7218522 +1
H 5.13892933 +1 -2.9444222 +1 6.6028602 +1
H 4.52830848 +1 -1.6157339 +1 7.5830464 +1
C 6.62198153 +1 -1.3952323 +1 6.9960027 +1
H 6.69526274 +1 -0.2824923 +1 6.9581221 +1
H 7.30447034 +1 -1.7547388 +1 6.1936559 +1
C 7.11582010 +1 -1.8591463 +1 8.3296857 +1
O 6.46583517 +1 -2.3095850 +1 9.2475763 +1
O 8.43438364 +1 -1.6827137 +1 8.4145192 +1
C -1.52834987 +1 -1.8568238 +1 -2.1874966 +1
H -0.46771558 +1 -1.8636404 +1 -2.5210159 +1
H -1.62781780 +1 -2.5795994 +1 -1.3525152 +1
C -2.47185502 +1 -2.2282836 +1 -3.3638781 +1
H -2.98499496 +1 -3.1927920 +1 -3.1804500 +1
H -1.89405800 +1 -2.3424832 +1 -4.3069987 +1
C -3.25389217 +1 -0.4858251 +1 -1.1757447 +1
H -3.30805205 +1 -1.1548252 +1 -0.2914310 +1
H -3.50670773 +1 0.5456161 +1 -0.8455090 +1
C -4.23384768 +1 -0.9512064 +1 -2.2875630 +1
H -5.03293231 +1 -0.2000056 +1 -2.4572820 +1
H -4.73619189 +1 -1.8967969 +1 -1.9942007 +1
C -1.74344472 +1 0.4611279 +1 -2.8263600 +1
H -1.89603411 +1 1.4932467 +1 -2.4473537 +1
H -0.71078580 +1 0.4109720 +1 -3.2369901 +1
C -2.78898357 +1 0.1057285 +1 -3.9185154 +1
H -2.29937340 +1 -0.0242028 +1 -4.9055448 +1
H -3.54124272 +1 0.9163160 +1 -4.0193183 +1
N -1.85720932 +1 -0.4927372 +1 -1.6897200 +1
N -3.49079633 +1 -1.1605330 +1 -3.5601373 +1
H 8.87401050 +1 -1.9656820 +1 9.3181469 +1
H -0.83035212 +1 -0.0527299 +1 -0.5069524 +1
O 2.66139420 +1 4.3960706 +1 -0.5572185 +1
O 3.44081382 +1 2.8618409 +1 -1.9685422 +1
C 2.55989114 +1 3.6239190 +1 -1.6343848 +1
C 1.25706383 +1 3.8830821 +1 -2.3233138 +1
H 0.43098565 +1 3.6411535 +1 -1.6165260 +1
H 1.16104594 +1 4.9754735 +1 -2.5227729 +1
C 1.09012768 +1 3.0972384 +1 -3.6245905 +1
H 1.91090179 +1 3.3229857 +1 -4.3296879 +1
H 1.14566141 +1 2.0084775 +1 -3.4366463 +1
C -0.26695790 +1 3.4873086 +1 -4.2158029 +1
H -0.26745638 +1 4.5732333 +1 -4.4445928 +1
H -1.05657718 +1 3.3420578 +1 -3.4477600 +1
C -0.64750103 +1 2.7046956 +1 -5.4749745 +1
H 0.04782118 +1 2.9209400 +1 -6.3076815 +1
H -0.57301238 +1 1.6149035 +1 -5.3000896 +1
C -2.08168528 +1 3.1020687 +1 -5.8451151 +1
H -2.13802735 +1 4.2032129 +1 -5.9733437 +1
H -2.76131767 +1 2.8641420 +1 -5.0014487 +1
C -2.57873239 +1 2.4198712 +1 -7.1207014 +1
H -2.53301030 +1 1.3189761 +1 -7.0255902 +1
H -1.92132635 +1 2.6692469 +1 -7.9765754 +1
C -4.01428551 +1 2.8793230 +1 -7.3857486 +1
H -4.08625072 +1 3.9923293 +1 -7.3253933 +1
H -4.69784152 +1 2.5089668 +1 -6.5897336 +1
C -4.50383118 +1 2.4389117 +1 -8.7278853 +1
O -3.84614404 +1 2.0214699 +1 -9.6558046 +1
O -5.82602024 +1 2.5934135 +1 -8.8122157 +1
C 4.16832080 +1 2.3627763 +1 1.7343279 +1
H 3.10685030 +1 2.3408807 +1 2.0661814 +1
H 4.27534275 +1 1.6513924 +1 0.8910118 +1
C 5.11388324 +1 1.9912431 +1 2.9087495 +1
H 5.63625197 +1 1.0328623 +1 2.7183223 +1
H 4.53455268 +1 1.8652958 +1 3.8498342 +1
C 5.88017410 +1 3.7697649 +1 0.7396108 +1
H 5.94212414 +1 3.1195352 +1 -0.1581726 +1
H 6.12139417 +1 4.8110381 +1 0.4316734 +1
C 6.86506079 +1 3.2932746 +1 1.8427253 +1
H 7.66193001 +1 4.0453604 +1 2.0203295 +1
H 7.36956808 +1 2.3527741 +1 1.5381189 +1
C 4.35458908 +1 4.6732448 +1 2.4014061 +1
H 4.47909422 +1 5.7129368 +1 2.0317416 +1
H 3.32644465 +1 4.5947331 +1 2.8190047 +1
C 5.41526376 +1 4.3263635 +1 3.4801940 +1
H 4.93990014 +1 4.1911566 +1 4.4736450 +1
H 6.16246731 +1 5.1442085 +1 3.5716138 +1
N 4.48308438 +1 3.7363167 +1 1.2528340 +1
N 6.12357650 +1 3.0669654 +1 3.1128732 +1
H -6.25601247 +1 2.3029943 +1 -9.7187911 +1
H 3.45385661 +1 4.1673468 +1 0.1076122 +1
O -10.73521668 +1 0.5541242 +1 -14.8984349 +1
O 16.75212538 +1 2.1831440 +1 12.1304682 +1
C 15.86647079 +1 1.4736061 +1 12.5486240 +1
C 14.58000695 +1 1.1222795 +1 11.8663216 +1
H 13.73509291 +1 1.3284827 +1 12.5627358 +1
H 14.54346074 +1 0.0255732 +1 11.6818439 +1
C 14.38448658 +1 1.8852168 +1 10.5522553 +1
H 15.21286969 +1 1.6770347 +1 9.8498665 +1
H 14.41161691 +1 2.9777695 +1 10.7288611 +1
C 13.04138926 +1 1.4662936 +1 9.9462230 +1
H 13.06094805 +1 0.3830198 +1 9.7101751 +1
H 12.23693385 +1 1.5917359 +1 10.7020034 +1
C 12.67158510 +1 2.2575403 +1 8.6859858 +1
H 13.38091989 +1 2.0537747 +1 7.8625765 +1
H 12.73944970 +1 3.3468932 +1 8.8717362 +1
C 11.24581093 +1 1.8628608 +1 8.2829237 +1
H 11.19593879 +1 0.7655422 +1 8.1281165 +1
H 10.55137440 +1 2.0752120 +1 9.1215927 +1
C 10.76153604 +1 2.5770029 +1 7.0180847 +1
H 10.81890710 +1 3.6759386 +1 7.1332518 +1
H 11.41759204 +1 2.3373521 +1 6.1590073 +1
C 9.32112589 +1 2.1417026 +1 6.7427849 +1
H 9.23281930 +1 1.0306467 +1 6.7962118 +1
H 8.63912009 +1 2.5219932 +1 7.5361551 +1
C 8.83370328 +1 2.5896993 +1 5.4011598 +1
O 9.48574929 +1 3.0408794 +1 4.4840843 +1
O 7.52016217 +1 2.3951383 +1 5.3076718 +1
C -9.15202608 +1 2.6856217 +1 -12.4030639 +1
H -10.20980915 +1 2.7085264 +1 -12.0633377 +1
H -9.03485290 +1 3.4333768 +1 -13.2124347 +1
C -8.19559667 +1 2.9997755 +1 -11.2187702 +1
H -7.64636426 +1 3.9473305 +1 -11.3834641 +1
H -8.76814773 +1 3.1156156 +1 -10.2730077 +1
C -7.46528407 +1 1.3004920 +1 -13.4536988 +1
H -7.37865767 +1 2.0014156 +1 -14.3090838 +1
H -7.24520718 +1 0.2770150 +1 -13.8256920 +1
C -6.47523705 +1 1.6880042 +1 -12.3182708 +1
H -5.71283426 +1 0.8965790 +1 -12.1654850 +1
H -5.92747229 +1 2.6174860 +1 -12.5774469 +1
C -9.00082553 +1 0.3430344 +1 -11.8439389 +1
H -8.85063097 +1 -0.6763844 +1 -12.2561639 +1
H -10.03614893 +1 0.3919001 +1 -11.4429514 +1
C -7.96510125 +1 0.6440983 +1 -10.7235976 +1
H -8.46895710 +1 0.7705281 +1 -9.7433126 +1
H -7.24000053 +1 -0.1905869 +1 -10.6243857 +1
N -8.86469810 +1 1.3319052 +1 -12.9486903 +1
N -7.21692105 +1 1.8925250 +1 -11.0438098 +1
H 7.08368628 +1 2.6562584 +1 4.3900673 +1
H -10.00644952 +1 0.8827865 +1 -14.2465932 +1
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Tv 7.13185850 +1 0.2046745 +1 0.1017285 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
1,4-diazabicyclo[2.2.2]octane azelaic acid (UNEGEZ) (PM6-D3H4)
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C -11.44896029 +1 -2.1218003 +1 -12.8443833 +1
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C -11.46743544 +1 -1.9745353 +1 -11.3187209 +1
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C -10.18194140 +1 -2.5457453 +1 -10.7111789 +1
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C -8.36479208 +1 -2.3851366 +1 -8.9487912 +1
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C -8.82171371 +1 2.7525600 +1 -12.7425512 +1
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